Les missions de la Pharmacie interjurassienne sont :
- Assurer l'approvisionnement de ses institutions partenaires en produits pharmaceutiques (évaluation, sélection, gestion et flux des médicaments)
- Promouvoir et développer les activités d’assistances pharmaceutiques et de pharmacie clinique dans le but d’optimiser le rapport efficacité-risque-coût des médicaments.
- Participer à la sécurisation du flux du médicament et à l'enseignement dans le domaine de la pharmacie hospitalière et clinique.
- Faire respecter les dispositions légales.
- Former des pharmaciens pour le diplôme FPH en pharmacie hospitalière et le certificat complémentaire FPH en pharmacie clinique.